Na luta pelo controle do tabagismo, o Ministério da Saúde passou a alertar a população para os malefícios do uso de narguilé. Por utilizar mecanismos de filtragem, o consumo de narguilé é visto como menos nocivo à saúde. Mas, na verdade, seu uso é tão ou mais prejudicial do que o de cigarros. Segundo a Organização Mundial da Saúde (OMS), uma sessão de narguilé dura em média de 20 a 80 minutos, o que corresponde a fumar 100 cigarros.
Estudos associam o uso de narguilé ao desenvolvimento de câncer de pulmão, doenças respiratórias, doença da gengiva (periodontal) e bebês com baixo peso ao nascer (para gestantes que fumam), além de expor seus usuários a nicotina em concentração que causa dependência.
Após 45 minutos de sessão, o narguilé aumenta os batimentos cardíacos e a concentração de monóxido de carbono expirado. Ocorre também maior exposição a metais pesados, altamente tóxicos e de difícil eliminação, como o cádmio. Em longo prazo, seu consumo pode causar câncer de pulmão, boca e bexiga, aterosclerose e doença coronariana. Mas os riscos do uso do narguilé não estão somente relacionados ao tabaco, mas também a doenças infectocontagiosas: compartilhar o bocal entre os usuários pode resultar na transmissão de doenças como herpes, hepatite C e tuberculose.