Na luta pelo controle do tabagismo, o Ministério da Saúde passou a alertar a população para os malefícios do uso de narguilé. Por utilizar mecanismos de filtragem, o consumo de narguilé é visto como menos nocivo à saúde. Mas, na verdade, seu uso é tão ou mais prejudicial do que o de cigarros. Segundo a Organização Mundial da Saúde (OMS), uma sessão de narguilé dura em média de 20 a 80 minutos, o que corresponde a fumar 100 cigarros.
Estudos associam o uso de narguilé ao desenvolvimento de câncer de pulmão, doenças respiratórias, doença da gengiva (periodontal) e bebês com baixo peso ao nascer (para gestantes que fumam), além de expor seus usuários a nicotina em concentração que causa dependência.