As Comissões são organismos de assessoria ao Plenário do CNS, que resgatam e reiteram os princípios do SUS e do controle social. Atualmente, o conselho possui 18 comissões que buscam fornecer subsídios de discussão ao Plenário para a deliberação sobre a formulação da estratégia e controle da execução de políticas públicas de saúde. As Comissões possuem titulares e suplentes. Podem fazer parte Entidades e Movimentos Sociais Nacionais que compõem ou não o CNS, órgãos e instituições federais que possuam afinidade com a temática das comissões, de acordo com as especificidades de cada uma. Para as funções de coordenador(a) e coordenador(a) adjunto(a), somente poderão ser indicados(as) conselheiros(as) nacionais de saúde, titulares ou suplentes.
Veja a composição das atuais comissões do triênio 2015|2018:
- Atenção a Saúde de Pessoas com Patologias, DST-AIDS; TB; Hanseníase e Hepatites Virais - CIASPP
- Atenção a Saúde das Pessoas com Deficiência - CIASPD
- Ciência, Tecnologia e Assistência Farmacêutica - CICTAF
- Orçamento e Financiamento - COFIN
- Promoção, Proteção à Saúde e Práticas Integrativas e Complementares em Saúde – CIPPSPICS
- Saúde Bucal - CISB
- Saúde do Trabalhador (a) - CISTT
- Saúde Mental - CISM
- Vigilância em Saúde – CIVS
- Alimentação e Nutrição - CIAN
- Atenção a Saúde nos Ciclos de Vida (Criança, Adolescente, Adulto e Idoso) - CIASCV
- Educação Permanente para o Controle Social do SUS - CIEPCSS
- Politica de Promoção da Equidade (População Negra; LGBT; Campo; Floresta e Águas; Povos e Comunidades Tradicionais) - CIPPE
- Recursos Humanos e Relação de Trabalho - CIRHRT
- Saúde da Mulher - CISMU
- Saúde Indígena – CISI
- Saúde Suplementar - CISS
- Comissão Nacional de Ética em Pesquisa - CONEP
- e-Capacitação
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- e-Articulador
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- Leis e Resoluções sobre os Conselhos de Saúde
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- Comissões do Conselho Nacional de Saúde