A coordenação da instituição funcionou desde a sua criação, em 1983, na casa da Dra. Zilda, em Curitiba, no endereço Rua Pasteur, 279, no bairro Batel. Após esses catorze anos de trabalho, foi solicitado espaço físico para o governo do estado, e o prédio central do antigo Lar das Meninas* foi indicado e apresentado pessoalmente pela então Secretária de Estado da Criança e Assuntos da Família e primeira-dama do Estado do Paraná, Fani Lerner. 
O início do processo de cessão aconteceu em 1997, mas apenas em 1998 o Poder Executivo autorizou-a, através da Lei n.° 12.250 – 08/07/1998. A Lei assegura que a cessão possui duração de 20 anos (com vigência até 30 de setembro de 2018), prorrogáveis mediante consenso entre as partes, o que ocorreu em 2018. Devido à necessidade de reformas no prédio, ele foi reinaugurado em 6 de dezembro de 1999, com apoio do Ministério da Saúde, da Fundação Banco do Brasil e de O Boticário. 
Para a criação do Museu da Vida foi cedida à Pastoral parte de imóvel de propriedade do Estado do Paraná vizinha à Pastoral da Criança, com área de 19.136,86 m², com as benfeitorias sobre ele existentes. Neste espaço,organizações que funcionavam sob a tutela da Associação Padre João Ceconello já se encontravam em processo de mudança de endereço, sendo que as Casas-Lares já se encontram desativadas.
 

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